Caso esteja conectado ao FTP, porem ao não consegue efetuar nenhuma ação, é necessário verificar, se o usuário usado para a conexão tem permissão, para os processos. (em casos o usuário tem apenas opção de visualizar arquivos, ou apenas baixar).
Outro motivo pode ser por questão de segurança, o programa ou o servidor está barrando o acesso aos arquivos, devido permissões configurados no firewall ou até mesmo no programa usado para transferência, deve ser verificado se o seu firewall está ativo, com liberação para o programa. Pode também efetuar teste alternando o modo de transferência, entre Passivo e Ativo.
Referente a limites de transferências (tamanho, quantidade, diretório,...), também pode impedir de subir ou baixar arquivo para o servidor.
Instabilidade com o Programa e o Serviço do Servidor também pode ocasionar essa intermitência.